تعود نشأتها إلى العهد الفينيقي حسب ما جاء في الكثير من الكتب التاريخية، والذي أقام حضارة الشمال الافريقي منذ القرن التاسع قبل الميلاد، وكانت أيضا منطقة للحروب البونيقية. كما أسست قبائل المازسيل على ترابها مملكة نوميديا الغربية أو مازيسيليا، ومنذ أواخر القرن الثالث قبل الميلاد أصبحت هذه القبائل تشكل قوة في منطقة افريقيا منذ أواخر القرن الثالث قبل الميلاد، واختار الملك سيقا الوقوف إلى جانب قرطاج ما جعل الرومان يختارون التحالف مع حكام نوميديا الشرقية، للإطاحة بملك سيفاكس سنة 94 قبل الميلاد، والذي بقي أسيرا لدى الرومان حتى وفاته.
وسقطت بعدها عين تيموشنت تحت سيطرة حكام نوميديا الغربية المتحالفين مع الرومان، ثم تحت سيطرة الرومان في نهاية القرن الأول قبل الميلاد، قبل أن تجتاحها جيوش الوندال حوالي سنة 430 ميلادية، ثم سقطت تحت سيطرة البيزنطيين، قبل أن يصلها الفتح الإسلامي، وعرفت المنطقة في تلك الفترة ازدهارا كبيرا، خاصة في فترة حكم المرابطين والموحدين، وشهدت المدينة معارك دامية خلال الحملات العسكرية التي شنها الإسبان على المنطقة، وقد قاوم سكانها الغزاة ببسالة، وكان لها الدور البارز أيضا خلال المقاومة التي اندلعت بعد ذلك ضد الاستعمار الفرنسي، خاصة في عهد الأمير عبد القادر، وقد تم فيها التوقيع على معاهدة تافنة بين الأمير عبد القادر الجزائري والجنرال الفرنسي ديمشال في الأول من حزيران/يونيو 1837 وهي المعاهدة التي اعترفت بانتصار الأمير عبد القادر وبالدولة الجزائرية الحرة وبالأمير عبد القادر زعيما لها، وبقيت المنطقة تحتضن الثوار الذين قاوموا الاستعمار الفرنسي، وكانت محطة للكثير من رموز الحركة الوطنية والثورة التحريرية، مثل مصالي الحاج الذي يسمى بأب الحركة الوطنية، والعربي بن مهيدي وغيرهما.
الثورة التحريرية
وارتبط اسم مدينة عين تيموشنت بمظاهرات 11 كانون الأول/ديسمبر 1960 والتي تعتبر من أهم محطات الثورة